Para llevar un control organizado de los cambios que se van produciendo, en el Programa de GPC en el SNS se utiliza una herramienta específica, que es un sistema centralizado de control de versiones que permite realizar el seguimiento de los cambios en archivos empleados en proyectos de software.

El sistema de control de versiones administra los archivos y directorios en el transcurso del tiempo. Hace posible recuperar antiguas versiones de los archivos, examinar el cambio en la historia de los mismos, puede ser accedido a través de la red, para ser usado por diferentes personas y permite crear versiones independientes y personalizadas.

Las razones de usar un sistema de control de versiones son las siguientes:

1. Imprescindible si trabajan varias personas en un mismo código, para evitar sobrescribir el trabajo del otro. También podemos asignar permisos a diferentes ramas del proyecto.
2. Aunque se trabaje solo, con él podemos llevar un control sobre las versiones de nuestro trabajo. En caso de haber realizado un cambio que no ha resultado bien, podemos volver a una versión anterior fácilmente, y sin tener que recordar esos cambios.
3. Acceso remoto: no necesitamos el código en nuestra máquina, ni siquiera en nuestra LAN.
4. Podemos guardar copias de seguridad fácilmente.

Existen varias interfaces al control de versiones, ya sean programas individuales o interfaces que lo integran en entornos de desarrollo. Si se utiliza Windows, la opción más adecuada es TortoiseSVN . Es un cliente que se integra con el explorador de Windows y que permite realizar todas las acciones mediante entradas en el menú contextual de los ficheros y carpetas. Aunque existen otros como Subclipse, Subversive o Cervisia.