En los estudios evaluados para la elaboración de ésta guía, se ha observado, de forma general, un nivel de evidencia bajo ya que los enfoques metodológicos son principalmente descriptivos, existiendo pocos estudios analíticos. Por ello es necesario no solo establecer nuevas líneas de investigación sobre el TEA sino además aumentar el número de estudios analíticos observacionales y ensayos.

Según el alcance y los objetivos de nuestra guía, las líneas prioritarias de investigación básica deberían incluir:

1. - Estudios sobre factores etiológicos ambientales (metales pesados, compuestos orgánicos, y otros) para activar medidas preventivas, así como la ampliación de la investigación de la genética del autismo (patrones familiares) de cara a un consejo genético más completo.
2. - Estudio sobre los trastornos comórbidos y complicaciones más frecuentes asociados al autismo para su correcto seguimiento y monitorización tanto en AP como en AE.
3. - Estudios que combinen variables conductuales, neuropsicológicas y evolutivas, para desarrollar los criterios diagnósticos establecidos en los manuales CIE-10 y DSM-IV y diferenciar de forma más específica subgrupos y subtipos en el espectro.
4. - Estudios sobre análisis de los patrones de inicio y evolución temprana del trastorno para establecer la edad mínima de viabilidad del diagnóstico.
5. - Estudios sobre el curso del desarrollo somatosensorial, motor, comunicativo y social de los niños con TEA.
6. - Estudios que apoyen la detección precoz, en cuanto a demostrar mejores resultados en salud de las intervenciones en función de la edad del comienzo de la intervención.
7. - Desarrollo y validación de instrumentos de cribado de TEA que cumplan los criterios para cribado poblacional.
8. - Estudios sobre calidad de vida de niños con TEA y sus familias.
9. - Estudios sobre sobrecarga del cuidador principal de niños con TEA.
10. - Estudios con metodología cualitativa que nos aproximen a las experiencias de los padres y familias de niños con TEA en los primeros momentos de detección precoz y derivación a Atención Especializada, uso y satisfacción de los servicios sanitarios en Atención Primaria tras el diagnóstico; y las experiencias de los profesionales tanto de Atención Primaria como Especializada para detectar carencias en conocimientos, recursos y problemas para atender a niños con TEA y sus familias.